上海财经大学档案馆成立于2002年12月。2014年11月，学校确定档案馆、校史馆、博物馆三馆合一机构设置。2017年，档案馆（校史馆、博物馆）搬入育衡楼新馆，百年校史馆和商学博物馆顺利开馆。2018年，商学文化研究中心成立，三馆工作职能不断拓展，逐步形成了“3馆+1中心”工作格局。

档案馆（校史馆、博物馆）下设5部1室，即收集部、管理部、研究部、展教部、信息部和综合办公室。档案馆（校史馆、博物馆）新馆育衡楼建筑面积约8300平方米，内设办公和业务工作区、展区、库区、会议会客区。